1998-2005年赛制
采用五圈淘汰制作赛，参赛球队以所属国家联赛的欧洲足协系数决定球队加入位置，每个国家将可获得一至三个参赛名额。第三圈获胜的十二队进行最后阶段淘汰赛，决赛胜出的三队将会成为国际托托杯冠军，并获得欧洲足协杯参赛资格。
从2006年开始采用的赛制
根据目前的信息，2023年足协杯的决赛赛制还没有确定。一般来说，足协杯的决赛阶段通常采用单场决胜制，即两支球队在指定的比赛场地进行一场决定冠军归属的比赛。具体的比赛形式和规则将在赛事组织方确定后公布。
第七轮比赛：由第六轮获胜的2支球队参加，最终决出冠、亚军。
加时赛
第五至七轮比赛，各场比赛进球数多的球队获胜，如90分钟比赛战平，则进行上、下半场各15分钟的加时赛；
如加时赛后双方依旧战平，则应采取互罚球点球的方式决出比赛的胜者。
进入淘汰赛阶段，受时间因素影响，足协杯赛制变得较为复杂多变。四分之一决赛采取的是双回合决胜制。到了半决赛，实行的是单回合决胜制，但常规时间结束后若两队战平，不进行加时赛，而是直接进入点球大战。
到了决赛，赛制又有所变化。除沿用半决赛的单回合决胜制外，增加了“加时赛”的设置。若两队在90分钟常规时间后总进球数相同，则需进行上下半场各15分钟的加时赛。若加时赛后两队仍战平，则进入点球大战
